Ometepe fué poblada por tribus que habitaban las riveras del gran Lago de Nicaragua. Estas tribus eran los Mangues, Chorotegas, Nicaraguas, Chibchas, Tiwanacos y otras.

Estos pobladores se transportaban a la isla en balsas, posiblemente durante los meses de Abril a Octubre ya que eran los meses del año en que el lago permanecía más calmo.

Hay muchos vestigios de que las pequeñas tribus y sus caceríos habían estado en los bancos del lago y en diferentes lugares de sus alrededores de los volcanes. Hay cementerios y sitios arqueológicos en el centro de Altagracia en donde ahora es el parque.

En 1967 los tractores del departamento de carreteras sacaron a luz estas verdaderas joyas de la arqueología de la Isla. Es notoria la conservación de las toponimias que aún se conservan en la Isla tales como: Chilaite, Ilcue, Culco, Chipá, Guyú, Angul, Tagüizapa, Calaisa, Balgüe, Pulman, Cuacuyú, Tichaná, The Guineo, Tibiche, Sinacapa, Sintiope, Sapabucha, Urbaite, Tilgüe, Astagalpa, Moyogalpa y Esquipulas, entre otros. Estos fueron los nombres con los que ellos denominaron las diferentes tribus de Ometepe.

La mayoría de las tribus que habitaban en la costa insular vivían en calma. eran cazadores, pescaban, esculpían las piedras, hacían vasijas de barro y ceremonias a sus dioses. Vivían del cultivo, sus cosechas como el maíz, papas y otros tubérculos al igual que de la recolecta de frutas.

Después de la venida de los españoles es que la isla sufre la invasión de los piratas franceses, ingleses y holandeses. Estos psaban robandoles sus alimentos, sus animales, sus tesoros y hasta sus mujeres.
Estos hacían su entrada por el río San Juan hacía Granada Este Calvario empezó en los siglos XV y XVI. Gallardillo, David, Dampier y Drake fueron los nombres de algunos de ellos.

Drake ancló su barco, "El venado de oro" en el puerto de gracia y Gallardillo mantuvo en Ometepe sus botines manteniendose como refugio de piratas.

El el Volcán Concepción fué donde sufrieron más, llegaron a este lugar en donde hoy es la ciudad de Altagracia. Ahí formaron dos grandes tribus: Astagalpa y Cosonigalpa, este último nombre se transformó en Cocinigalpa y más tarde en Cotziningalpa. Estos dos pueblos estaban divididos por una calle- que en la actualidad es la que lleva al cementerio de Altagracia. Pero por problemas de poder entre ellos. los Astagalpas echaron a los de Cotziningalpas hasta que Cotuapa quedó al norte y Sinacapa al sur.

Sinacapa comprendió lo que hoy es desde las minas de arena hasta San José del sur. Astagalpa ocupó la parte surt - lo que actualmente es desde la casa cural hasta el Instituto Ladislao Chwalbinsky - Mientras que Cotziningalpa ocupó la parte norte de lo que hoy es la casa cural hacia el nuevo cuadro de Altagracia.

El mismo pueblo de Ometepe fué dado en encomiendas por el Emperador Carlos V a Juan de Perea, en Abril 13 1537. En ese entonces, era Gobernador Don Rodrigo Contreras.